Langtidsbehandling af aktiv reumatoid artritis og idiopatisk juvenil artritis, men chloroquiner er lidt mindre effektive end de øvrige csDMARDs. Ved reumatoid artritis ses en langsomt indsættende effekt , og maksimal virkning opnås først efter 3-6 måneders behandling. Virkning ses hos 50-70 % af patienter med reumatoid artritis. Hydroxychlorokin reducerer i mindre grad udviklingen af erosioner i leddene sammenlignet med andre csDMARDs. 

I kombination med methotrexat og sulfasalazin ses synergistisk effekt ved aktiv reumatoid artritis. Denne kombination, såkaldt tripleterapi, anvendes ved utilstrækkelig effekt af methotrexat som monoterapi. 

Chloroquiner udgør en hjørnesten i behandlingen af SLE, særligtved symptomer fra hud og bevægeapparat. Ved SLE ses gradvis aftagende ledsmerter, synovit, træthed og hudmanifestationer. Hydroxychloroquin er vist at reducere risiko for nyreskader og komorbiditeter samt forbedrer overlevelsen. 

Chloroquin-dosis hos voksne er 250 mg dgl. (højst 4 mg/kg) og for hydroxychloroquin 400 mg dgl. (højst 5 mg/kg). Dosis bør reduceres ved nedsat nyre- og leverfunktion. Hvis der ikke er indtrådt objektive tegn på bedring efter 6 måneder, seponeres behandlingen.
Undertiden bruges chloroquiner til børn med reumatoid artritis, men her må udvises særlig forsigtighed og opmærksomhed på organrelaterede bivirkninger.  

Behandlingen skal revurderes regelmæssigt med henblik på fortsat relevans, effektivitet og sikkerhed. Indledende revurdering foretages typisk efter 3-6 måneders behandling for at sikre, at patienten opnår tilfredsstillende klinisk respons og har acceptable bivirkninger. Herefter anbefales årlig revurdering inkl. vurdering af effekt og bivirkninger, samt samtidig behandling med andre lægemidler og tilstedeværende komorbiditeter, som kan ændre risikoprofilen. Dette gælder alle patienter og særligt ved skrøbelige, ved ældre og ved polyfarmaci. 

De almindeligste bivirkninger omfatter hovedpine, svimmelhed, tinnitus, kvalme, opkastning, hudkløe, hududslæt, psykisk labilitet, følsomhed for sollys, mavesmerter og appetitløshed. Den mest frygtede bivirkning er retinopati. Øjenundersøgelse ved øjenlæge bør foretages inden for det første år af behandlingen. Herefter kontrol ved eventuelt tilkomne øjenmanifestationer. Der anbefales årlig kontrol efter 5 års behandlingsvarighed, dog hos risikopatienter initialt årlig kontrol. Risikopatienter er ved: 

• daglig dosis ≥ 5 mg/kg
• samtidig nyresygdom med nedsat eGFR
• bagvedliggende retinasygdom eller makulopati
• alder over 60 år
• samtidig behandling med tamoxifen
• asiatisk afstamning.

Eventuelle retinaforandringer under behandlingen indicerer øjeblikkelig seponering.
Ved diabetes og høj alder tilrådes særlig forsigtighed pga. vanskelighed ved at erkende en chloroquininduceret retinopati.
Cornea-aflejringer af chloroquiner og metabolitter ses undertiden, men er af mindre betydning, da de svinder spontant. Cornea-aflejringer indicerer ikke seponering af behandlingen.