Immunsupprimerende lægemidler anvendes ved allogen stamcelletransplantation for både at forebygge og behandle graft-versus-host sygdom (GvHD) samt undgå afstødning af donorstamcellerne. 

GvHD er alloimmunitet, altså en immunreaktion fra de transplanterede donor stamceller rettet mod patientens raske væv. Når T-lymfocytterne fra donor præsenteres for fremmed antigen i patienten, kan de reagere mod antigenet og give symptomer fra de angrebne organsystemer. Der findes både en akut og en kronisk type defineret ud fra, hvornår den debuterer i forløbet efter en allogen stamcelletransplantation samt den kliniske præsentation. Nogle eksempler på typiske GvHD reaktioner er hudforandringer, leverpåvirkning eller lungepåvirkning. Symptomgivende GvHD optræder hos omkring halvdelen af patienterne for både den akutte og den kroniske form, til trods for profylakse.  

Rejektion ses kun hos få procent ved allogen stamcelletransplantation og er således en langt mindre hyppig klinisk problemstilling end GvHD. 

Hvilken kombination af immunsupprimerende lægemidler, der anvendes i profylakse mod GvHD afhænger af den forbehandling med kemoterapi og evt. strålebehandling - også kaldet konditionering - som patienten har modtaget forud for infusionen af stamcellerne. Det afhænger også af typen af donor stamceller, fx om de stammer fra knoglemarv, perifer stamcellehøst eller navlesnorsblod og graden af vævstypematch mellem donor og patient. Nogle af de typer immundæmpende medicin, der oftest anvendes ved allogen transplantation er calcineurinhæmmer , methotrexat, og mycophenolat. Der kan hos nogle patienter tillægges andre stoffer, fx anti-thymocytglobulin og/eller sirolimus. Der henvises til speciallitteratur for information om de specifikke kombinationer anvendt ved de forskellige typer af allogene transplantationer. 

I tiden efter den allogene stamcelletransplantation reduceres den immunsupprimerende behandling gradvist for at optimere graft-versus-leukæmi/lymfom effekten. Hvis der ikke tilstøder GvHD, ophører den immunsupprimerende behandling typisk efter ca. 6 måneder. 

Hvis der tilstøder behandlingskrævende GvHD - såvel akut som kronisk - anvendes steroid ofte med tillæg af en calcineurinhæmmer. Hvis der optræder kronisk GvHD, kan behandling med immundæmpende lægemidler blive langvarig og hos nogle livsvarig. 

Behandling med kombinationer af immundæmpende lægemidler, som ved en allogen stamcelletransplantation, indebærer en betydelig risiko for infektioner, og der gives profylakse mod herpesvirus, Pneumocystis jiroveci, gærsvampe og i visse tilfælde skimmelsvampe.